El Sefirot aparece en esta serie como el Árbol de la Vida, junto con muchas otras referencias a la cábala.
Evangelion está lleno de alusiones a la biología, los conceptos militares, religiosos y psicológicos, así como numerosos homenajes y referencias a animes o series animadas anteriores (por ejemplo, la trama básica del anime se había visto en otros, como Space Battleship Yamato), una tendencia que le valió el apodo de "Anime remixado".
El constante uso de la jerga y la teoría psicoanalítica de Freud, así como las alusiones a la religión y la biología son usados idiosincrásicamente para transmitir el mensaje del director. Esta tendencia de Anno ha sido criticada como "¡plagio total! [...] Evangelion es sólo un anime con un poco más de psicología". No obstante, Anno se ha defendido negando la posibilidad de crear una obra enteramente original sin referencias a otra:
"Ya no hay espacio para la originalidad absoluta en el ámbito del anime, especialmente teniendo en cuenta que nuestra generación creció bajo cantidades masivas de anime. Todas las historias traen consigo una inevitable sensación de déjà vu. La única manera de expresión abierta para nosotros es un collage de obras ya existentes."
"La gente que hace anime y la gente que lo ve quieren ver las mismas cosas. Los creadores han estado haciendo la misma historia durante 10 años, los espectadores parecen estar satisfechos y no hay sentido de urgencia. No hay futuro en eso."
Independientemente Anno parece tener la esperanza de revitalizar el género del anime - visto como inerte y moribundo en la década de los 80 - y restaurar la originalidad: la creación de un nuevo anime. Este deseo es también la razón de Anno de crear Rebuild of Evangelion:
"Muchos y diferentes deseos nos incitan a crear una nueva película de "Evangelion"... El deseo de luchar contra la continua tendencia de estancamiento en el anime.
El deseo de apoyar a la fuerza del corazón que existe en el mundo...
Muchas veces nos preguntamos, "Es un título de 10 años de edad. ¿Por qué ahora?"
"Eva es demasiado viejo", lo sentíamos.
Sin embargo, en los últimos 12 años no ha habido ningún anime más reciente que Evangelion.
La interpretación de los símbolos y los conceptos varía de individuo a individuo, no está claro cuántos son intencionales o significativos, ni si se limita a elementos de diseño o de las coincidencias. El mismo Anno dijo "Puede ser divertido si alguien con tiempo libre lo investiga" Alguno de estos símbolos fue mencionado en el comentario del DVD inglés de Rebirth of Evangelion yThe End of Evangelion.
Muchos personajes comparten sus nombres con buques de guerra japoneses de la Segunda Guerra Mundial, como el Sōryū, el Akagi y el Katsuragi (aunque escritos con diferentes kanjis, tienen la misma pronunciación). Nombres de otros personajes hacen referencia a obras de ficción, como los nombres de dos personajes de la novela de Ryu Murakami, Ai to Genso no Fascism: Kensuke Aida y Toji Suzuhara.
